1944 senesinde üsteğmen rütbesindeyken Nihal Atsız ile birlikte “”Irkçılık-Turancılık” davasından yargılandı ve 9 ay 10 gün Tophane Askerî Hapishanesinde kaldı. 1945 senesinde Askeri Yargıtay kararıyla tahliye edildi ve 1947’de beraat etti.
Orduya tekrar döndü. 1955’de Harp Akademisi’ni (94.sınıf, Sıra No. 39) bitirdi. Daha sonra ABD’ye gönderildi ve burada Amerikan Harp Akademisi’ni ve piyade okulunu bitirdi. 1955-1957 senelerı içinde Washington’da NATO Daimi Komitesi’nde Türk genelkurmayı temsil heyetinde görev yaptı. Aynı sırada ülkeler arası ekonomi eğitimi gördü. 1959’da Almanya’da Atom ve Nükleer Okulu’na gönderildi ve buradaki eğitiminden sonra albaylığa yükseldi ve Kara Kuvvetleri Komutanlığı NATO şube müdürü olarak atandı.
25 ay kadar sonra, 23 Şubat 1963 tarihinde Gümülcine’den yurda döndüğünde burada kalabalık bir “milliyetçi topluluk” aracılığıyla karşılandı.
Gökhan Evliyaoğlu’nun Adalet Partisi’ne katılma yolundaki teklifini reddeden Türkeş, milliyetçi çevreleri bir araya getirmek için 2 Mayıs 1963’te Türkiye Huzur ve Yükselme Derneği’ni kurdu. Darbe hazırlığı yapan Talat Aydemir – Fethi Gürcan ikilisiyle temas kurdu. Lakin Talat Aydemir’le anlaşamadı. Bunun üzerine darbeyi hükümete haber verdi. Kendisi de darbe girişimi sebebiyle yargılandı, fakat darbeyi hükümete açıkladığu için beraat etti. Alparslan Türkeş, sürgünde olduğu zamanda 14’lerden çoğu ile sürekli olarak bir araya gelerek dönüşten sonraki stratejisini belirleyici toplantılar yapmıştı. Nitekim 31 Mart 1965’te, 14’lerden Dündar Taşer, Ahmet Er, Muzaffer Özdağ, Rıfat Baykal, Mustafa Kaplan gibi eski MBK üyeleri ile birlikte Cumhuriyetçi Köylü Millet Partisi – (CKMP)’ne girerek fiilen siyasi hayata atılmış oldu.
1965’te bu partinin başkanı oldu, uzun tartışmalardan sonra parti tüzüğünde 9 Işık Doktrini yer aldı. Türkeş, bu sürede kendisini sevenler aracılığıyla Başbuğ ilan edildi ve aynı yıl Ankara’dan milletvekili seçildi. 6-8 Şubat 1969’da Adana il kongresinde CKMP adı Milliyetçi Hareket Partisi ve terazi olan amblemi de üç hilâl olarak değiştirildi. 1966 senesinde cumhurbaşkanlığına aday oldu ve Cevdet Sunay karşısında 11 oy alarak seçimi kaybetti. 1969 ve 1973 senelerında Adana milletvekili olarak parlamentoya seçildi. 1974’te ilk eşi Muzaffer Türkeş’i kaybetti. Bundan 2 yıl sonra 1976’da Seval Türkeş ile evlendi.
1975’ten sonra Milliyetçi Cephe adı verilen koalisyon hükümetlerinde başbakan yardımcılığı görevinde bulundu. Bu zamanda sağ ve sol çatışması arttı. Yetkililerin elinde Milliyetçi Hareket Partisi’nin şiddetin esas kaynağı olduğuna dair ispatlar vardı ve Cumhuriyet Savcısı kapsamlı bir soruşturma yapmak istiyordu. Lakin hükümet buna izin veremezdi. Çünkü bu rolün açığa çıkarılması koalisyonun dağılması manasına geliyordu ve Demirel bunu düşünmek bile istemiyordu. 12 Eylül darbesi sırasında Milli Güvenlik Konseyi başkanı, diğer üç parti başkanlarının teslim olduğunu, Alparslan Türkeş’in de teslim olmasını, aksi taktirde suçlu durumda bulunacağını söyleyen bir bildiri paylaşımı yaptı. 12 Eylül darbesinden sonra 9 Nisan 1985 tarihine kadar 4,5 yıl tutuklu kaldı. 12 Eylül zamanında idam cezasıyla yargılanan Türkeş, bu davadan beraat etti.
1987’de siyaset yasağının kalkmasıyla birlikte Milliyetçi Çalışma Partisi’ne girdi ve aynı yıl yapılan müthiş kongrede genel başkanlığa seçildi. 1991 genel seçimlerinde RP ve IDP ile seçim ittifakı yapan MÇP önderi Türkeş, Yozgat milletvekili olarak yeniden parlamentoya girdi. Bu arada 1992’de 12 Eylül darbesi ile kapatılmış olan partilerin eski adlarını alması ile ilgili Siyasi Partiler Kanunu’nda yapılan değişiklikle MÇP’nin ismi de 1993 senesinde MHP olarak değiştirildi. 1995 genel seçimlerinde parlamento dışı kalan Türkeş, bu sürede uzlaşmacı bir önder olarak ülke siyaseti üzerinde en etkili siyasetçi oldu. Türkeş, 9 Işık başta olmak üzere siyasi ve tarihi görüşlerini içeren kitaplar yazdı.
Alparslan Türkeş, 4 Nisan 1997 tarihinde geçirdiği kalp krizi sonucu Ankara’da yaşama veda etti. Kabri, Ankara Beştepe’de bulunmaktadır.
Alparslan Türkeş Eserleri
Milli Doktrin 9 Işık; Alparslan Türkeş
Dokuz Işık
9 Işık
Dokuz Işık ve Türkiye
Ülkücülük
12 Eylül Adaleti (!) : Savunma
1944 Milliyetçilik Olayı
Modern Türkiye
Milliyetçilik Olayları
27 Mayıs ve Gerçekler
27 Mayıs, 13 Kasım, 21 Mayıs ve Gerçekler
Ahlakçılık
Etik (Ahlak Felsefesi), Etik.; Bunalımdan Çıkış Yolu
Türk Edebiyatında Anılar, İncelemeler, Tenkidler (Anı-Günce-Mektup)
Bunalımdan Çıkış Yolu
Dış Meselemiz
İlimcilik
Kahramanlık Ruhu
Temel Görüşler
Sistemler ve Öğretiler
Türkiye’nin Meseleleri
Yeni Ufuklara Doğru
Sistemler ve Öğretiler
Gönül Seferberliğine