Salih Zeki Bey, 1864 senesinde İstanbul’da yoksul bir ailenin oğlu olarak dünyaya gözlerini açtı. Babası Boyabatlı Hasan Ağa, annesi Saniye Hanımdır. 4 yaşında iken annesini, altı yaşındayken babasını kaybetti.
Bakımını üstlenen büyükannesi onu önce mahalle mektebine göndermiş, fakat yaramazlığından ötürü öğretmeninin isteğiyle okuldan alınıp bir esnafın yanında çıraklığa başlamıştı. 1874 senesinde, on yaşındayken yetimlerin okuduğu Darüşşafaka’ya kaydoldu. Bu okulda Mehmet Nadir Bey’den matematik dersi aldı. Mehmet Nadir Bey, onun ileride iyi bir matematikçi bulunacağını anlayarak kendisiyle özel olarak ilgilendi ve o mezun olana kadar Darüşşafaka’dan ayrılmadı.
Salih Zeki, Darüşşafaka’yı 1882 senesinde birincilikle bitirdi. Aynı yıl Posta ve Telgraf Nezareti Telgraf Kalemi (Fen Şubesi)’ne memur olarak atandı. 1884 senesinde Nezaretin Avrupa’da uzman telgraf mühendisi ve fizikçi yetiştirme kararı üzerine birkaç arkadaşıyla birlikte Paris’e gönderildi ve burada Politeknik Yüksekokulu’nda elektrik mühendisliği öğrenimi gördü. “Zeki” lakabı, bu okulda eğitim görürken dostları aracılığıyla kendisine verildi, böylece Salih Zeki olarak anılmaya başladı. Okulda kalıp doktora yapmak istediyse da bakanlık aracılığıyla çağrılınca İstanbul’a geri döndü.
1887 senesinde yurda dönen Salih Zeki Bey, eski dairesinde elektrik mühendisi ve müfettiş olarak çalıştı. Credit Lyonnais müdürü Mösyö Lemoine ile tanışması ve onun teşvikleri üzerine matematik ve astronomi tarihi ile alakadar olmaya başladı. Ortaçağ İslam dünyasındaki bilimsel çalışmaları yazmalara dayanarak aydınlatmak istiyordu. Önce kendisini İslam öncesi Yunan ve Hint çalışmaları hususunda yetiştirdi, sonra eski yazmaları inceledi; 1889 senesinde ilk bilim tarihi makalesini yayımladı: “Hint Rakamları Üzerine Bir Rapor”. Bu tarihten sonra ek görev olarak Mekteb-i Mülkiye’de (bugün Ankara Üniversitesi’ne bağlı Siyasal Bilgiler Fakültesi) fizik ve kimya dersleri verdi (1889-1900). Aynı zamanda yetiştiği okul olan Darüşşafaka’da gönüllü olarak Fransızca ve fen dersleri verdi.
1892’de Resimli Gazete’de bastırdığı dizi makalelerde önceden çok iyi bilinmeyen yazarları ve eserleri ayrıntılı olarak tanıttığı monogrofiler hazırladı. Bu monografiler yoluyla ileride Asar-ı Bakiye adlı eserinin kaleme alınmasını yarayacak tarihi bilgi birikimini oluşturmaya başladı.
Arkadaşı Ahmet Fahri ile Hikmet-i Tabiyye (Fizik) adlı ilk kitabını yazdı. Liseler için yazılan kitap, 1892’de basıldı. Aynı yıl ilk eşi piyanist Vecihe Hanım’dan ilk çocuğu Malik dünyaya gözlerini açtı.
1895’te Beyoğlu Rasathane Müdürü olan Salih Zeki Bey, 1900 senesinde Üsküdar Amerikan Lisesi son sınıf öğrencisi olan Halide Edip’e özel matematik dersi vermişti.
Salih Zeki Bey, 1901’de ilk eşi Vecihe Hanım’dan boşandıktan sonra öğrencisi Halide Hanım ile evlendi. Bu evlilikten sonra Halide Salih olarak anılan eşi Halide Hanım, ona Kamus-u Riyaziyat(Matematiksel Bilimler Sözlüğü) adlı eserini yazarken asistanlık ve çevirmenlik yaptı. Eser, matematik ve astronomi bilimlerinde kullanılan bütün terimleri açıklamak ve Doğulu ve Batılı bütün matematikçilerle astronomların hayat öykülerini ve eserlerini tanıtmak maksadını taşıyordu. 12 ciltlik eserin yalnız iki cildi basılabildi. 1903’te büyük oğulları Ayetullah (ö. 1985), 1904’te ikinci oğulları Hikmetullah Togo dünyaya gözlerini açtı.
İttihat ve Terakki Cemiyeti’nin görüşlerine yakın olan Salih Zeki Bey, II. Meşrutiyetin ilanından (1908) sonra Tanin Gazetesi’nde bilimsel makaleler yazmaya başladı ve Maarif Nezareti Meclis-i Maarif kullanıcı hesabınde bulundu. Auguste Comte hayranı olan Salih Zeki, onun öğretisini tanıtmak için Halide Hanım ile birlikte Auguste Comte Felsefe-i Müsbetesi adlı bir makale yayımladı. 1908- 1909 senelerı içinde yoğun bir çalışma dönemine girerek Darülfünun’da çok sayıda ders verirken değişik alanlarda ve düzeylerde birden fazla ders kitabı yayımladı.
31 Mart Ayaklanması sebebiyle eşi Halide Hanım, gericilerin hedefi durumuna gelince çocuklarıyla birlikte Mısır’a kaçmak zorunda kalmıştı. Ardından Salih Zeki Bey de Mısır’a gidip, çocuklarla geri döndü, Halide Edip, birkaç ay İngiltere’de kaldı.
1910’da Mekteb-i Sultanî (bugün Galatasaray Lisesi) müdürlüğüne atandı. Tevfik Fikret’in, devrin Maârif Nâzırı Emrullah Efendi ile anlaşamayıp istifa etmesi üzerine bu vazifeye getirilmişti. Bu atama, basında uzun tartışmalara yol açtı. Aynı yıl, Salih Zeki Bey’in ikinci bir evlilik yapmak istemesi üzerine Halide Edip ile dokuz yıllık evliliği bitti. Salih Zeki Bey, Münevver Hanım ile evlendi ve bu evliliğinden Tarık ve Faruk adlı iki oğlu oldu.
1910 -1912 senelerı içinde Türkiye’de çağdaş fiziğin temel konularını ayrıntılı biçimde tanıtan çok sayıda ders kitabı yayımlayarak fizik alanında da öncü oldu.
1912’de Maarif Nezareti müsteşarlığına getirilen Salih Zeki Bey, Darülfünun Konferansları adlı eserinin birinci ve ikinci cildini yayımladı. Bu konferanslarda Türk matematikçilerine yabancı olan”Öklit dışı Geometriler” ile “Sanal Nicelikler Üzerine Kurulmuş Çeşitli Alanlar” konularını ayrıntılı biçimde tanıttı. Aynı yıl Fransız matematikçi ve felsefeci Jules-Henri Poincare’in bilim felsefesi eserlerini Türkçeye kazandırdı.
1913’te Darülfünün-ı Osmanî (bugün İstanbul Üniversitesi) rektörü oldu. 1917’de rektörlükten ayrıldıysa da üniversitedeki görevini Fen Şubesi (Fakültesi) Müderrisi (Profesör) olarak sürdürdü 1919’da Fen Şubesi’nin dekanı oldu. Rektörlük yaptığı zamanda üniversiteye Alman öğretim üyeleri getirtti fakat I. Dünya Savaşı sebebiyle bu öğretim üyeleri ülkelerine dönmek zorunda kaldılar.
1913 senesinde yayımlamaya başladığı Asar-i Bakiye adlı yapıtında Ortaçağ İslam Dünyası’nda yapılan matematik ve astronomi çalışmalarını sergiledi. Eserin birinci cildinde Trigonometri tarihini, ikinci cildinde hesap ve cebir tarihini, üçüncü cildinde Astronomi Tarihini ve dördüncü cildinde de geometri tarihini konu edindi. Dört cilt olarak tasarlanan üçüncü ve dördüncü ciltleri yazma halinde kalmıştır.
1920’de ruhi bir bunalım geçiren Salih Zeki Bey, tedavi altındayken 2 Temmuz 1921 tarihinde Şişli’deki Fransız Hastanesi’nde öldü. Fatih Camiinin bahçesine toprağa verildi.
Salih Zeki, ileri gelen son dönem Osmanlı matematik bilginlerindendi. İkdam, Darüşşafaka ve İktisadiyat gazeteleri ile Darülfünun dergisine sayısız katkıda bulundu. Dönemin ünlü bilginleriyle matematik ve fen bilimleri hususunda yazılı tartışmalara girdi ve bu konularda bir kısmı ders kitabı olmak üzere çok sayıda yapıt verdi.
Salih Zeki Bey Eserleri
Hendese (Geometri) – Lise ders kitabı
Hikmet-i Tabiiye (Fizik) – Lise ders kitabı
Mebhas-ı Savt (Fonetik)
Mebhas-ı Elektrik-i Miknatisi ((Elektro Magnetizma)
Mebhas-ı Hararet-i Harekiye (Termodinamik)
Mebhas-ı Cazibeyi Umumiye (Genel Çekim)
Mebhas-ı Elektrikiyet ve Şariyet (Elektrik ve Kılcallık)
Hesab-ı İhtimali (İhtimaller Hesabı)
Mebhas-ı Hareket-i Seyalat (Akışkanların Hareketi)
Hendese-i Tahliliye (Analitik Geometri)
Mebhas-ı Nazariye-i Temevvücat (Dalga Teorisi)
Heyet-i Riyaziye (Matematik Astronomi)
Kamus-u Riyaziyat (Matematik Ansiklopedisi) – Tamamı basılmamıştır.
Asar-ı Bakiye (Ölmez Eserler) – Tamamı basılmamıştır.
Henri Poincaré’den çevirdiği dört kitap basılmamıştır.
